Monstre ou humain... qui sommeille au coeur des ténèbres ? Au fin fond de la galaxie, le Léviathan, un immense vaisseau spatial, flotte a la dérive. Quand des pilleurs d'épaves s'y introduisent, ils découvrent le journal intime d'un collégien, Kazuma, relatant les événements qui ont eu lieu dans les entrailles du navire... A sa lecture, l'évidence s'impose : un survivant de la catastrophe se cache quelque part dans le dédale des ruines ! Des années plus tôt, le jeune Kazuma est en plein voyage scolaire vers la Terre.
La fête tourne court quand des explosions d'origine inconnue détruisent une partie de la coque du vaisseau l Voilà les passagers immobilisés au milieu de nulle part... L'adolescent et sa camarade Futaba surprennent alors une conversation entre leur professeur et un robot de maintenance : les réserves d'oxygène sont insuffisantes pour tenir jusqu'à l'arrivée des secours... Le seul espoir de survie est un caisson de cryogénisation niché au coeur du géant de métal.
Or, il ne peut contenir qu'une personne... Malheureusement pour les élèves, l'enseignant comprend vite qu'il a été entendu. C'est le début d'une lutte sanglante pour préserver le secret !